Men zou bijna vergeten dat gedurende de jaren dat Nederland probeerde de Indonesische kolonie wederom onder haar gezag te krijgen, dat de Koninklijke Marine ook deelnam aan deze strijd. Rondom het territoriale gebied van de Republiek Indonesië werd een effectieve zeeblokkade opgelegd. Dit had zeker gevolgen voor haar aanvoerlijnen die onderzocht worden in de studie De Republiek in een wurggreep van dhr. Hoekstra. Ook kijkt hij nader naar het maritieme beleid van Nederland in deze kwestie.
Voor zijn studie ontving dhr. Hoekstra onlangs de J.R. Bruijn scriptieprijs 2019 van de Nederlandse Vereniging voor Zeegeschiedenis.
In zijn inleiding schrijft Hoekstra o.a.: "Er zijn goede verklaringen voor de achtergestelde rol van de zeestrijdkrachten in het historische corpus over de onafhankelijkheidsstrijd in Indonesië. Numeriek gezien maakte het personeel van de marine maar een klein deel uit van de Nederlandse strijdkrachten in de archipel. Van de 200.000 militairen die onder Nederlandse vlag vochten, vielen er 14.000 onder het commando van de Koninklijke Marine (KM). Daarvan was grofweg de helft in dienst bij de Mariniersbrigade, die voornamelijk op land actief was. Het marinepersoneel dat op de vloot, aan wal of bij de Marine Luchtvaartdienst (MLD) diende, telde op het hoogtepunt slechts 7.000 militairen, minder dan 5 procent van de totale troepensterkte. Bovendien was de oorlog in Indonesië overwegend een guerrillastrijd die werd gevoerd door infanterie-eenheden...."
"...Dit is vergelijkbaar met veel andere counterinsurgency-oorlogen. Militaire historici hebben zich in hun onderzoek naar dergelijke conflicten dan ook met name op het landoptreden gefocust. Daar waar studies naar de inzet van het luchtwapen inmiddels een plaats binnen de counterinsurgency-doctrines hebben verworven, is de rol van de zeestrijdkrachten in dergelijke militaire confrontaties nog steeds onderbelicht. Een mogelijke verklaring hiervoor is de minimale rol die de marine heeft gespeeld in de meest recente grote conflicten van deze aard – in Mali, Afghanistan en Irak. Tevens kan worden gesteld dat daar waar de zeestrijdkrachten van de insurgents zwak zijn, de maritieme aspecten van het conflict sneller over het hoofd worden gezien. In het geval van de Republiek Indonesië is daar zeker sprake van. Van de Republikeinse marine, de Angkatan Laoet Republik Indonesia (ALRI) had de KM nauwelijks iets te duchten. Deze organisatie bleef beperkt tot enkele kleinere motorvaartuigen die deels van de Japanse marine waren overgenomen. De strijd op zee werd grotendeels gemeden en als het tot een ontmoeting kwam, delfde de ALRI meestal snel het onderspit tegen een superieure tegenstander."
In 2018 publiceerde dhr. M. Hoekstra zijn master thesis (Universiteit van Leiden), getiteld De Republiek in een wurggreep: de Nederlandse marineblokkade tijdens de Indonesische Onafhankelijkheidsoorlog (1945-1949).
